科学与健康|基因组编辑新利器:PCE技术实现染色体“精准编辑” 焦点讯息
8月4日晚,中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞团队在国际学术期刊《细胞》在线发表论文,系统报道了一种新型可编程的染色体水平大片段DNA精准操纵技术PCE,实现了真核生物基因组千碱基到兆碱基级别DNA的“精准编辑”。
(资料图)
审稿人对此评价:这项工作代表了基因工程领域的重大突破,在育种和基因治疗方面具有巨大的应用潜力。
PCE系统的开发和精准染色体编辑示意图。(中国科学院遗传与发育生物学研究所供图)
破解基因组编辑“尺度困境”
DNA作为生命密码,储存着决定生物性状、生命活动乃至进化方向的遗传信息。当前,被称为“基因剪刀”的CRISPR及其衍生技术,已经在特定碱基和短片段DNA中广泛应用。
然而,对数千乃至数百万碱基的精准操纵是大片段DNA编辑的核心难题,现有工具在编辑效率、尺度、精准性及类型多样性等方面仍存在明显不足。
研究团队开发了超大片段DNA精准无痕编辑新方法,构建PCE与RePCE两个可编程染色体编辑系统,实现超大片段DNA精准无痕操纵,成功破解了基因组编辑的“尺度困境”。
中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员高彩霞介绍,这项技术能够在植物和动物细胞中实现数百万碱基级别DNA的多类型精准操纵,显著提升真核生物基因组的操纵尺度和能力。
三项创新突破技术瓶颈
位点特异性重组酶Cre-Lox系统具有染色体水平DNA操纵潜力,但其进一步应用受到三大关键问题制约。为此,研究团队构建系统性技术路径,实现三项关键技术创新,为超大片段DNA精准无痕编辑装上“导航系统”。
——“双向门”改为“单通道”。为破解Lox位点固有对称性导致的重组反应可逆问题,研究团队创新性地开发了高通量重组位点快速改造平台,成功打造新型Lox变体,如同单向闸机门,只允许DNA片段按预定方向移动,更有利于目的编辑的发生。
——借助人工智能对Cre重组酶进行“团队优化”。简单来说,Cre重组酶是DNA片段的搬运工人,基于研究团队此前自主开发的人工智能新型蛋白质定向进化方法AiCE,研究人员对Cre蛋白多聚化界面进行精准优化,获得重组效率提升至3.5倍的工程化Cre蛋白变体,有效提高其活性,提升“工作效率”。
——打造“无痕编辑策略”Re-pegRNA。为避免重组后特异性位点残留干扰基因组编辑的精准性,研究团队开发的Re-pegRNA策略就像一块智能橡皮擦,能精准识别并消除这些残留位点,提高编辑精准性。
多场景应用将有望实现
业内人士认为,利用超大片段DNA精准无痕编辑新方法,通过操控基因组结构变异,可以为作物性状改良和遗传疾病治疗等开辟新路径。
在传统育种中,优良性状常与不良基因遗传连锁,如同“买一送一”的捆绑销售。大片段DNA精准无痕编辑的技术突破,有望推动新型育种策略的发展,如通过操纵遗传连锁、调控重组频率实现育性控制、消除连锁累赘,充分释放野生种质资源中优异等位基因的育种潜力。
目前,研究团队已经利用该技术成功创制了含315千碱基精准倒位的抗除草剂水稻种质。
在遗传疾病治疗领域,这项技术有望为因染色体异常导致的疾病提供新的治疗思路。此外,精准染色体编辑技术的突破将加速人工染色体构建,在合成生物学等新兴领域有重要的应用前景。
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